В основу сюжета детективного фильма «Мальчик в коробке» положена реальная история, которая произошла в далеком 1957 году в США. События фильма разворачиваются в двух временных отрезках — современном мире и в 50-е годы ХХ столетия. Детектив полиции Том Эдкинс все еще не может отправиться после исчезновения 10-летнего сына Томми, который пропал девять лет назад. Все попытки найти мальчика закончились неудачей. Брак с женой практически разрушен и все, что связывает супругов — воспоминания о прошлой счастливой жизни до исчезновения Томми. В один из дней на строительной площадке рабочие обнаруживают жуткую находку — мумифицированное тело мальчика в коробке. За расследование дела берется Том Эдкинс, видя в этом шанс найти правду, касательно исчезновения своего сына.